Metode Farmakologi 7
Mechanical Quantum dalam Desain Obat
Mechanical quantum pada afinitas interaksi ligan-protein bertujuan untuk memberikan akurasi yang lebih baik dalam deskripsi interaksi protein ligan dan prediksi afinitas pengikatannya. Pada prinsipnya, perumusan Quantum Mechanical atau QM mencakup semua kontribusi terhadap energi, memperhitungkan istilah yang biasanya hilang dalam medan gaya mekanika molekuler, seperti efek polarisasi elektronik, koordinasi logam, dan pengikatan kovalen; selain itu, metode QM dapat ditingkatkan secara sistematis, dan memberikan tingkat transferabilitas yang lebih tinggi.
1. Untuk melihat kekuatan afinitas pengikatan ligan-protein maka digunakanlah metode QM/MM LIE ini. Yang ingin saya tanyakan adalah bagaimana kita meningkatkan akurasi metodologi QM/MM LIE?
ReplyDeletePertama, kita harus menjelajahi atau mempelajari perhitungan QM tingkat tinggi dan medan gaya MM yang berbeda. Kedua ialah pengambilan sampel yang ditingkatkan dari ruang konformasi ligan dengan membuatnya fleksibel selama lintasan docking molekul sehingga kita bisa meningkatkan akurasi metodologi ini
Delete2. Bagaimanakah keunggulan dari menggunakan kalkulasi QM/MM LIE ini?
ReplyDeleteYang pertama akurasinya terjamin daripada metode lainnya kemudian kemampuan metode ini mampu untu memprediksi energi bebas pengikat untuk beragam ligan. Ketiga, metode ini menghasilkan variabilitas pada masing-masing ligan sehingga dapat dilakukan pada ruang kimia dan biologis yang beragam sambil tetap mempertahankan korelasi keseluruhan dengan data eksperimen dan meminimalkan kesalahan
Delete3. Mengapa hanya menggunakan 4 protein uji saja yakni BACE1, TYK2, HSP90 dan PERK?
ReplyDeletePerhitungan menggunakan metode QM/MM LIE dilakukan pada 4 set kompleka ligan-protein yang dipilih berdasarkan keragaman jenis protein dan ketersedian data eksperimen yang hanya tersedia 4 protein itu saja
Delete