Metode Farmakologi 5
Screening Virtual Obat Antivirus Berbasis Molecular Docking
Pandemi COVID-19 disebabkan oleh virus severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 atau SARS-CoV-2 yang merupakan virus RNA genus Betacoronavirus (subgenus Sarbecovirus) dari keluarga coronaviridae (subfamili Orthocoronavirinae).
Studi penambatan molekuler melibatkan penggunaan perangkat lunak untuk simulasi komputer dalam memprediksi konformasi berbasis struktur molekuler untuk melihat ikatan-ikatan antara reseptor dan ligan, dimana reseptor dapat berupa protein atau molekul asam nukleat (DNA atau RNA), dan ligan berupa molekul peptida atau protein berukuran relatif kecil. Studi ini bertujuan untuk memprediksi orientasi ligan terhadap reseptor melalui virtual screening, dan mengestimasi afinitas ikatan antara ligan dan reseptor. Luaran penambatan molekuler berupa scoring nilai energi bebas (∆G) yang merupakan parameter yang menunjukkan kekuatan ikatan antara ligan dan reseptor.
Berikut link video mengenai materi diatas
Berdasarkan video dijelaskan bahwa Nilai ΔG dengan angka yang kecil atau minus menunjukkan adanya kemungkinan terbentuknya ikatan antara ligan dan makromolekul. Dimana semakin kecil skornya semakin besar probabilitas interaksi ligan-reseptor. Mengapa bisa nilai ΔG apat menafsirkan adanya interaksi ligan-reseptor dan bagaimanakah jika hasil interaksi tersebut menunjukkan interaksi yg ternyata dia lemah?. Bagaimana kita bisa tau kalau interaksinya itu lemah atau kuat?
ReplyDeleteNilai energi bebas (∆G) antara semua ligan terhadap reseptor yg mempunyai interaksi memang berada dalam besaran negatif. Hal ini dikarenakan semakin kecil nilai energi bebas dengan nilai yang semakin negatif mengindikasikan bahwa interaksi antar molekul ligan dan reseptor semakin stabil. Semakin minus nilainya maka interaksinya akan semakin kuat dan stabil begitu juga sebaliknya. Hal ini disebabkan oleh karena pengikatan protein dan ligan terjadi hanya ketika perubahan energi bebas (∆G) dari sistem bernilai negatif saat mencapai keadaan ekuilibrum pada tekanan dan suhu konstan, sehingga hasil penambatan molekuler yang dipreferensikan adalah yang memiliki nilai ∆G terendah
DeleteBerdasarkan video yang telah dijelaskan , dikatakan bahwaa Mpro ini berperan dalam menentukan kelangsungan hidup virus corona dengan memediasi replikasi dan transkripsi proteinprotein pada virus Corona.yang saya tidak pahami disini dan yang ingin saya tanyakan yaitu jelaskan bagaimana mekanisme kerja Mpro ini dalam memediasi replikasi dan transkripsi protein-protein pada virus Corona sehingga Mpro ini dapat berperan dalam menentukan kelangsungan hidup virus corona ?
ReplyDeleteGen replikase SARS-CoV-2 mengkodekan dua poliprotein yakni pp1a dan pp1ab yang diperlukan untuk replikasi dan transkripsi virus. Polipeptida fungsional dilepaskan dari poliprotein melalui pemrosesan proteolitik oleh protoase Mpro. Fungsi utama dari Mpro yaitu melepaskan polipeptida fungsional dari poliprotein melalui proses proteolitik yang dimana dia menjadi enzim pemecah poliprotein. Dua poliprotein yang diperlukan untuk replikasi dan transkripsi coronavirus, yakni pp1a dan pp1b kemudian dibelah oleh Mpro menjadi protein non struktural. Kemudian protein nsp tersebut berinteraksi dengan nsp12 atau polimerase untuk membentuk kompleks replikase-transkriptase (RTC/replicase-transcriptase complex ) yang bertanggung jawab untuk sintesis genom virus lengkap (replikasi) dan RNA sub-genomik (transkripsi) virion baru
DeleteThis comment has been removed by the author.
ReplyDeleteKetika selesai melakukan penambatan molekul akan didapat beberapa senyawa yg berpotensi sebagai agen pengobatan baru. Jika suatu senyawa yg berpotensi tersebut menghasilkan suatu ikatan ligan-reseptor yang bagus lalu bagaimana kita bisa menilai bahwa senyawa tersebut aman dan tidak toksik bagi tubuh kita? dan bagaimana mengetahui bahwa senyawa tsb mempunyai farmakokinetika yang baik?
ReplyDeletePrediksi ADMET adalah suatu bagian penting dalam proses prediksi farmakokinetika secara in-silico yang dimana dalam proses penemuan obat baru tidak hanya dilihat dari kekuatan ligand dalam mengikat protein target, namun senyawa-senyawa juga harus dievaluasi dari segi farmakokinetik maupun toksisitas, dimana hal ini bertujuan untuk menentukan tingkat efektifitas dan keberhasilan dari terapeutiknya. Proses perjalanan obat didalam tubuh dimulai dari Absorbsi, Distribusi, Metabolisme dan Ekskresi (ADME) yang dimana prediksi dari ADME ini akan menggunakan situs (PkCSM) yg merupakan merupakan situs berbasis web yang menyajikan prediksi terhadap sifat ADMET pada senyawa kimia baru dengan tingkatan akurasi yang cukup tinggi.
Delete